В июле 2012 года прокуратура Костанайской области сообщала о возбуждении уголовного дела в отношении должностных лиц предприятия. Был якобы установлен факт завышения протяженности обслуживаемого газопровода, что увеличивало затраты ГКП на транспортировку газа.

Полгода спустя на пресс-конференции заместитель прокурора области Рашид АПЕКОВ сообщил:

- Одним из оснований для возбуждения дела стал акт проверки предприятия инспекцией финансового контроля, который впоследствии решением суда по иску ГКП «Костанайгаз» был отменен. Факты хищения и растраты более 237 млн тенге не нашли своего подтверждения. Дело прекращено за отсутствием состава преступления.